V pedagogickém myšlení Jana Amose Komenského je významná aktivita překonávání zmatku zla v labyrintu světa právě výchovou. Komenský vysoce oceňuje vzdělání a od počátku se zabýval myšlenkami na obnovu škol a zlepšení výuky.
V knihovně na zámku ve Vlčicích u Trutnova v roce 1627 dostává Komenský do ruky didaktiku německého pedagoga Eliáše Bodina. Chtěl z ní pořídit výtah pro potřebu českých škol. Začal shromažďovat další literaturu, ale nebyl s ní zcela spokojen. Rozhodl se napsat didaktiku sám a tím se stal autorem první soustavné didaktiky v Evropě. Česká didaktika byla určena pro domácí poměry. Velká didaktika (Didactica magna) byla latinsky psaným rozšířeným zpracováním české didaktiky i dalších pedagogických spisů. Obsahuje 33 kapitol. Spis je určen pro správce obcí, pastýře církví, ředitele škol, rodiče a poručníky (zástupce, vychovatele) dětí.
Nejde mu o profesní přípravu (didactica specialis), ale o realizaci humanity v hloubce i šíři (didactica generalis). „Aby se lidé stali pravými lidmi, křesťané pravými křesťany a učenci pravými učenci.“ Didaktiku pojímá Komenský jako „vedení k pravému vzdělání, ušlechtilým mravům a vroucí zbožnosti“.
Vzdělání je práce s člověkem, proto je „umění všech umění“. Univerzalita vzdělání všech lidí plyne u Komenského z hodnoty každého člověka a z předpokladu, že člověk je stvořen Bohem jako jeho obraz. Duši mu vdechl Bůh sám ze sebe (Gn 1,26), na rozdíl od zvířat. V úvodu Didaktiky vyjadřuje Komenský situaci člověka biblickým obrazem ztraceného ráje. Člověk se má k ráji dostávat i svou vlastní aktivitou a spoluprací s Bohem (synergismus). „Jsme povinni vděčně Bohu vyjít vstříc a napomáhat i sami svým věcem těmi způsoby, které nám ukáže Bůh.“
Nejúčinnějším způsobem obnovy lidského pokolení je vzdělání mládeže. „Písmo svaté nás učí, že není jiné pod sluncem účinnější cesty k nápravě lidských chyb nad řádné vzdělání mládeže.“ Komenský uvádí citace ze Starého zákona (Kaz 12,1.13; Př 22,6; Ž 34,12) a z Nového zákona (Mk 10,14 a Mt 18,3), které se týkají dětí a mladé generace a jejich výchovy. „Má-li se zakročit proti zkáze lidského pokolení, musí se to díti nejspíše opatrným a obezřetným vychováváním mládeže. Tak, jako ten, kdo chce obnovit zahradu, musí ji osázet novými štěpy a nasázené pečlivě opatrovat, až utěšeně vzrostou; neboť naše umění nestačí na to předělávat staré stromy a přeštěpovávat je.“ Dítě nepodléhá podle Komenského hříchu, kterého Kristus zbavil lidské pokolení. „Zkáza, přicházející od pádu Adamova, pronikla sice všechno množství našeho pokolení, ale přece, poněvadž druhý Adam, Kristus, znova osil lidské pokolení a vyloučen není nikdo, leč kdo se vylučuje vlastní nevěrou, jíž ještě není u dítek (Mk 16,16), plyne z toho, že dítky, které se ještě neposkvrňují znovu hříchem a nevěrou, prohlašovány jsou za hlavní dědice božího království… Dítky nejsou ještě zaujaty špatnými návyky. Proto se již u dítěte má s výchovou začínat, a ne až s dospělým člověkem. Říká: „Jedině to je v člověku pevné a stálé, čím nasákne první věk.“
Celý život člověka je přípravnou školou pro věčnost. Tento pozemský život není sám o sobě cílem, ale přípravou pro věčnost. Na člověka jako Boží obraz jsou kladeny tři požadavky: 1) vzdělání 2) ctnost a 3) zbožnost. Do přirozenosti člověka je vštípena touha po vědění, ctnosti a zbožnosti. V člověku je vštípena touha po vědění a k práci, k mravnímu cítění i zbožnosti. Podle Komenského jsou „v člověku jsou od přirozenosti kořeny zbožnosti.“ Výchova je vlastně odrýváním toho, co je již do člověka Bohem vloženo.
Komenského charakterizuje metoda přirozenosti vyučování. Příroda je Komenskému vzorem. Metoda přirozenosti znamená odpozorovat z přírody její zákonitost a napodobovat ji. Komenský uvádí postupy odpozorované z přírody, které se mají aplikovat ve výchově. V době, kdy Komenský psal svoji didaktiku, musel se ukrývat jako bratrský kněz ve východních Čechách a byl ve stálém kontaktu s přírodou. Je uchována tradice míst, kde se Komenský skrýval na odlehlejším přírodním místě jako v Brandýse nad Orlicí nebo v Bílé Třemešné. Tato skutečnost z doby pronásledování mohla mít vliv na jeho metody výuky, které odpozoroval z přírody, ale i na jeho tzv. přirozenou teologii. Příroda jako Boží stvoření je pro něho jedním ze zdrojů poznání Boha.
Ve XX. kapitole Didaktiky Komenský pojednává o slovně-názorné metodě. Komenský zde říká: „Budiž učitelům zlatým pravidlem, aby všechno bylo předváděno všem smyslům, kolika možno.“ „Začátek poznání se musí dít vždy od smyslů.“ Tato metoda je uplatněna v proslulém Komenského obrázkovém slabikáři Orbis pictus (Orbis sensualium pictus).
Ve XXII. kapitole pojednává Komenský o vyučování jazyků jako ve spise Brána jazyků otevřena (Janua linguarum reserata), která byla jazykovou učebnicí a stala se v 17. století nejúspěšnějším Komenského dílem, kterou vydali i jezuité roku 1669 v Praze v Čechách.
Výchova k mravnosti, které se Komenský věnuje v kap. XXIII., je založena na pěstování čtyř ctností známých již z doby antiky – moudrosti, umírněnosti, statečnosti a spravedlnosti. O vštěpování zbožnosti pojednává Komenský v XXIV. kapitole, kde připomíná význam zbožnosti pro tento i budoucí život (1 Tm 4,8). Prameny zbožnosti jsou podle Komenského tři: 1) Písmo sv., 2) svět a 3) lidské nitro. Jako prameny poznání jsou k dispozici tři knihy: kniha Božího zjevení (Bible), kniha přírody (viditelný svět), kniha mysli (rozum). Písmo je nejspolehlivějším pramenem.
Podle Komenského má být škola křesťanskou. Komenský rozlišuje čtyři školy podle věkových stupňů – každé období trvá 6 let: 1) Dětství – mateřská péče, rodinná výchova, 2) Chlapectví – elementární neboli obecná škola (v mateřském jazyce), 3) Jinošství – latinská škola (gymnázium) a 4) Mládí – akademie, zahraniční cesty. Toto rozvržení škol přirovnává ke čtyřem ročním dobám: „Škola mateřská je jako příjemné jaro, ozdobené vyrážejícími bylinami a květinami různé vůně. Škola obecná představuje léto, které ukazuje plné klasy s některými dříve dospívajícími plody. Gymnázium se rovná podzimu, který sbírá plné plody polí, zahrad a vinic a ukládá je v sýpkách ducha. Akademie ať je konečně obrazem zimy, která připravuje sebrané plody k rozmanitému užití, aby bylo z čeho žít v celém ostatním průběhu života.“
I když Komenský klade zřetel z důvodů teologických i pedagogických na výchovu člověka v mládí a zabýval se předškolní výchovou v Informatoriu školy mateřské, je pro něho celý život člověka školou. Člení tuto celoživotní výchovu a vzdělávání do sedmi částí. Začíná školou zrození a končí školou stáří. Jak to vyjadřuje Komenský v Didaktice i v Pampedii: „Celý vezdejší život je nižší školou, kde se připravujeme na věčnou akademii.“
Pozoruhodně promyšlený vychovatelský systém J. A. Komenského vychází z myšlenkového a kulturního dědictví Evropy. Komenský byl Evropan, který vstřebal jak antickou, tak biblickou tradici, i vychovatelskou tradici středověké církve. Jako syn své doby byl ovlivněn reformačním a humanistickým myšlením. Pedagogické dědictví minulosti i své doby svérázně přeznačil směrem k novověku. V jeho monumentálním díle se setkává pozdně-středověká tradice s raně-novověkým myšlením. Jeho úsilí o všeobecnou nápravu a harmonii lidských věcí vzbuzuje i s odstupem staletí náš zájem a přináší stále novou inspiraci pro církev, školu a společnost.
