Organizace a instituce je součástí každé lidské společnosti a lidského seskupení, aby mohlo existovat a fungovat, potřebuje organizovanost a instituční prvky. Instituční prvky jsou nezbytné i pro církev žijící a působící v tomto světě. Mohou se vyskytovat tendence popírat smysluplnost organizace a hledat jiný model církve jako určitého zájmového seskupení. Zájmové společenství je sice zábavnější a kolegiálnější, ale na druhé straně lidé v něm pociťují menší odpovědnost.
Organizace znamená nejen společně sdílený zájem, ale i odpovědnost. V případě církve je tím dané její poslání, ale i společně nesená odpovědnost. Skutečná autorita spočívá v převzetí odpovědnosti. Jestliže naše církev má od počátku zřetelnou organizační stavebnost, tak to současně znamená vědomí odpovědnosti, se kterou má být rozhodování i v církvi spojeno. Samo členství – uskutečňované, má být a je výrazem odpovědnosti v ochotě přijmout úkol a službu zvolením v orgánu náboženské obce. Organizační struktura církve vyznačuje oblasti odpovědnosti v náboženské obci, v diecézi a celku církve.
Ideálem je v církvi takové uspořádání, které by se blížilo Božímu království a bylo naplněno dokonalým společenstvím lásky. Ale lidé nejsou mnohdy pro Boží království ani zralými ani připravenými. V křesťanských církvích se setkáváme s různými organizačními podobami – výrazně hierarchickými monarchickými, episkopálními nebo demokratickými, které jsou označovány jako presbyterní ve smyslu autority a odpovědnosti volených laiků z obcí. Řád a organizační stavebnost vyjadřuje určité teologické pojetí a sebe pochopení církve.
V Církvi československé husitské hovoříme o presbyterním uspořádání s episkopálními prvky. To znamená, že nositelem autority je Boží lid jako celek, včetně laiků, mužů i žen. Biskupové mají předně funkci duchovních pastýřů a nemohou rozhodovat sami bez laiků. Monarchie a hierarchie je vlastní Církvi římskokatolické. I když vidíme, že v současné Církvi římskokatolické v rámci synodálního procesu zahájeného v říjnu roku 2021 má být posílen význam laiků. V protestantských církvích jsou součástí organizační struktury demokratické prvky, které mají odrážet novozákonní bratrství. S hledáním dokonalého modelu uspořádání se setkáváme u řeckých filozofů, například u Aristotela. Aristoteles mluví o monarchii, aristokracii a demokracii. Každý z těchto tří způsobů vládnutí má v sobě rizika. Monarchie může vést k tyranii, aristokracie k oligarchii a demokracie k anarchii (Aristoteles, Etika Nikomachova, s. 193-194).
V naší církvi byl v organizačním uspořádání od počátku patrný demokratický rys. Demokracie je volba, možnost volby. V naší církvi se volí zástupci, volí se představitelé a rozhoduje se tak ve shromáždění. Nejde o přímou demokracii, ale spíše o „zastupitelskou“. Projevujeme důvěru těm, kteří jsou zvoleni a kteří nás zastupují v jednotlivých církevních orgánech a službách. V církvi se prolínají zásady dobrovolnosti a povinnosti, vyplývající ze služebních a pracovních vztahů. Jakkoli je slovo povinnost nepopulárním, přesto je to biblický výraz. „Jsme jenom služebníci neužiteční, vykonali jsme jen to, co jsme měli vykonat, co jsme byli povinni učinit“ (L 17,10).
Nad lidským uspořádáním, úřady a řády je živá autorita Boží, v naší církvi označovaná jako Duch Kristův. O „duchu Kristovu“ hovořil Karel Farský. S tímto výrazem se setkáváme ve starší i novější teologii. S tímto výrazem se můžeme setkat v řadě textů teologické a duchovní literatury. O autoritě Ducha Kristova psal ekumenický teolog Hans Küng. „Křesťanský život je život v Kristově duchu. A život v Kristově duchu, to je život podle Kristova vzoru“ (Küng H., V co věřím, cit. s. 174). V knize prof. Tomáše Halíka „Odpoledne křesťanství“ čteme: „Církev je církví Kristovou natolik, nakolik v ní působí Kristův Duch. „Kdo nemá Ducha Kristova, ten není jeho“ (Ř 8,9) (Odpoledne křesťanství, cit. s. 94). O duchu Ježíše Krista mluví často Jan Amos Komenský ve svých spisech i dopisech. Duch Kristův je duch pokory, lásky, pokoje a tichosti (Srov. J. A. Komenský, Rozjímání o křesťanské dokonalosti. In: Studnice útěchy, s. 20). Tento Duch Kristův nemá být předmětem teologické spekulace, ale především realitou žitou v naší církvi.